兒童百日咳的治療臨床上，大多數患兒罹患百日咳的，尤其6個月以下的嬰兒，都應該住院接受治療。此外，更大些的患兒中接近一半的也需要住院治療。這種強化護理措施可以大大減小這些孩子出現并發癥（最常見的并發癥包括肺炎）的概率。
（下圖為百日咳的臨床表現和各期時間）患兒在住院期間，我們可能需要進行吸痰以清除呼吸道中濃稠的分泌物。同時，孩子需要接受呼吸監測和適當時候氧療。百日咳患兒可能需要同其他患兒隔離，因為屬于傳染病，防止將病菌傳染給其他人。
百日咳需要用抗生素治療。抗生素在百日咳病程的第一階段（也就是痙咳開始前）效果最佳。抗生素雖然可以阻止百日咳桿菌擴散但不能預防或治療咳嗽。由于一般的止咳藥不能有效緩解這種痙咳醫生可能為你推薦一些家庭止咳的方法。
讓孩子臥床休息并且在他的房間使用止咳霧化，有助于緩解孩子肺部和呼吸道中的不適，還有助于稀釋呼吸道的分泌物。同時告知家屬如何拍背，進而有助于咳出痰液，進而改善呼吸。已經確診的百日咳患兒在結束5天的抗生素治療之前應該待在家中，不要去幼兒園或者學校。
注:臨床上霧化我們會給與布地奈德配合特布他林，加鹽水霧化治療?？股厥走x對百日咳桿菌敏感的大環內酯類抗生素，常用紅霉素（如下圖）。
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這種微生物特別狡猾，沒有細胞壁，所以對抗生素的抵抗力比較強。更要命的是，它還喜歡在人多的地方“兜風”，比如學校辦公室或者公交車這種地方。支原體肺炎的傳播方式主要是通過空氣中的飛沫，也就是說，當一個感染了支原體的人咳嗽或打噴嚏時，空氣中就會混入這些帶有病原體的小水珠。
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