甲狀腺結節的原因多種多樣。許多病人很窮，因為他們找不到疾病的確切原因。少數病人因腫瘤而有甲狀腺結節。如果由這些因素引起的甲狀腺結節更復雜，則可能需要相關的外科治療來達到恢復效果。
甲狀腺結節可有多種病因引起。
1、增生性結節性甲狀腺腫
碘攝入量過高或過低、食用致甲狀腺腫的物質、服用致甲狀腺腫藥物或甲狀腺激素合成酶缺陷等。
2、腫瘤性結節
甲狀腺良性腫瘤、甲狀腺乳頭狀瘤、濾泡細胞癌、甲狀腺髓樣癌、未分化癌、淋巴癌等甲狀腺濾泡細胞和非濾泡細胞惡性腫瘤以及轉移癌。
3、囊腫
結節性甲狀腺腫、腺瘤退行性變和陳舊性出血斑囊性變、甲狀腺癌囊性變、先天的甲狀舌骨囊腫和第四鰓裂殘余導致的囊腫。
4、炎癥性結節
急性化膿性甲狀腺炎、亞急性化膿性甲狀腺炎、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎均可以結節形式出現。極少數情況下甲狀腺結節為結核或梅毒所致。
1、實質性單結節
核素掃描為熱結節的甲狀腺單發結節，癌變可能性較小。冷結節多需手術治療。凡發展快、質地硬的單發結節，或伴有頸部淋巴結腫大者或兒童的單發結節，因惡性可能大，應早日手術。
2、多結節甲狀腺腫（MNG）
傳統認為MNG發生癌的機會要比單發結節少。而用高分辨率的超聲檢查發現許多捫診為單發結節者實際上是多發結節，現在認為兩者之間癌的發生率沒有多少差別。因此，對于MNG的處理首先要排除惡性。若sTSH降低提示為甲亢。若FNA細胞學診斷為惡性或可疑惡性者，應予手術治療。
3、摸不到的結節
近年來由于B超、CT、MRI的發展，在作其他檢查時，可意外地發現小的摸不到的甲狀腺結節。這種情況多見于老年人，一般無甲狀腺病史，也無甲狀腺癌的危險因素，結節小于1.5cm，只需隨訪觀察，若結節大于1.5cm，可在超聲指導下作FNA，然后根據細胞學結果，再進一步處理。
4、放射結節
頭頸部接受放射治療者易發生甲狀腺癌，放射后早至5年，晚至30年。凡頭頸部接受放療后甲狀腺出現結節者，應作FNA確診。
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